Strachan renunció en marzo de 2004, para descansar un poco del fútbol, y fue reemplazado por Paul Sturrock, que había formado parte del proceso de Plymouth Argyle a su segunda promoción en tres temporadas. Desde el 1 de julio de 1998 hasta el 30 de junio de 2004, Hitzfeld consiguió 4 títulos de 1. Bundesliga, 2 Copas de Alemania, 3 Copas de la Liga de Alemania, 1 Liga de Campeones de la UEFA, 1 Copa Intercontinental, equipacion chelsea y varios trofeos amistosos. Southampton terminó quinto lugar al año siguiente, pero debido a las sanciones que cargó todo el fútbol inglés tras los incidentes de Heysel, al igual que el resto de la liga, no fue permitido participar en copas europeas. Esa contundencia se mantuvo la temporada siguiente, en parte, por el liderazgo en la ofensiva de Beattie y Kevin Phillips, con el que aseguraron el duodécimo lugar y una vez más derrotó a Manchester United en su propio suelo. Southampton mejoró ligeramente la siguiente temporada a pesar de la llegada de Souness, que ya había ganado tres ligas con el Rangers y una FA Cup con el Liverpool. La efectividad del equipo bajó notablemente en la temporada siguiente, ya que estuvo en el fondo de la tabla durante gran parte de la primera vuelta, pero una vez más se salvó del descenso en la última jornada de la temporada, después de una tardía buena racha, con ayuda fundamental del letón Marian Pahars y el consentido de la afición, el «Great Escape» Matthew Le Tissier.
En la jornada 36 de la temporada 22/23, cae derrotado 2 a 0 de local ante el Fulham, lo que provoca su descenso a la Championship. En su primera temporada ganó la FA Cup con los londinenses. En esa primera edición participaron Argentina, Brasil, Chile y Uruguay, resultando campeón este último. Con la llegada de la Pandemia de COVID-19 a finales del 2019, el fútbol se detendría unos meses en Europa, sin embargo con la disputa de la nueva edición de Liga de Naciones de la UEFA el calendario futbolístico se reanudaría. Pese a esto se convirtió, empatado con Vavá, en el jugador que más goles ha anotado con el club colchonero en una única edición de la Copa de Europa gracias a los 8 tantos que ayudaron al Atlético de Madrid a clasificarse para jugar la final por segunda vez en su historia. Lawrie McMenemy deja el equipo al final de la temporada 1984-85, para ser sucedido por Chris Nicholl, mismo que fuera cesado después de 6 años en el cargo pese a haber conservado la categoría durante este lapso de tiempo.
Las acusaciones resultaron posteriormente ser infundadas pero ya era demasiado tarde para salvar la carrera de Jones como técnico de Southampton y fue sucedido por el exentrenador de Inglaterra Glenn Hoddle. Durante la temporada 1999-2000, Dave Jones renunció como director técnico del Southampton, por las acusaciones de corrupción de menores que le recaían, cuando trabajaba en una casa hogar durante la década de los ochenta. Southampton al inicio de la temporada 1997-98 era favorito para el descenso, pero terminó en el undécimo lugar en la tabla y logró por tercera temporada consecutiva, una victoria en casa ante el Manchester United. Primero fue una victoria por 3-1 en casa sobre el campeón de ese año, Manchester United, camiseta chelsea 2024 y luego una victoria de 1-0 sobre los ya relegados Bolton Wanderers. El titular del récord de más apariciones lo tiene Jimmy Lawrence, que jugó 496 partidos con el primer equipo entre los años 1904 y 1921. El máximo goleador del club es Alan Shearer, quien anotó 206 goles en todas las competiciones entre 1996 y 2006. Aleksandar Mitrović tiene el récord de más goles anotados en una temporada: 43 en la temporada 2021-2022 en la Premier League. El entrenador Ian Branfoot fue cesado en enero de 1994, debido a la posición en que se encontraban los Saints, peleando por no descender, y encuentran su reemplazo con el exentrenador del Exeter City, Alan Ball.
Pero en medio de rumores de falta de apoyo de la directiva, Ball emigró al Manchester City al final de la temporada, mientras que Southampton se hizo de los servicios del novato David Merrington, para la temporada 1995-96. Southampton finalizó 17.º con 38 puntos en la liga, y evitó el descenso por diferencia de goles. Fue relevado por Ian Branfoot, que hasta el final de la temporada 1990-91 había sido asistente de Steve Coppell en el Crystal Palace. Dos victorias durante las últimas semanas de aquella temporada fueron clave para asegurar que Southampton podría lograr su salvación. Strachan hizo mucho para revivir al Southampton durante la temporada 2001-02, que fue suficiente para lograr el undécimo puesto. La primera temporada de Holland en este papel, 2007-08, fue una decepción ya que el club evitó el descenso después de terminar 20° con 50 puntos. La primera fue en 1964, jugando como anfitriona, luego de derrotar 2-1 a la Unión Soviética en el Estadio Santiago Bernabéu. Cada eliminatoria enfrentó a un primero de grupo con un segundo y el partido de vuelta se disputó en el estadio del primero. Los siguientes jugadores han sido convocados el 29 de mayo de 2024, con motivo de un encuentro amistoso frente a la Selección de Panamá en el estadio Nova Creu Alta de Sabadell.