El primer cambio significativo se produjo con el cuarto escudo tras su fusión con el Club Aviación Nacional para ser denominado como Atlético Aviación (1939-47), cuyo emblema pasó a estar inscrito en el símbolo alado del club aéreo militar, camiseta inter miami messi conforme al acuerdo adoptado con este último tras la Guerra Civil. En su etapa en el Barça, la sección era aún semiprofesional y Torras pudo debutar en la máxima categoría de este deporte, aunque acabó jugando en la División de Honor y la de Plata por los dos descensos que sufrió de categoría. 1991. Más allá de este aliciente, las dificultades económicas y deportivas se acrecentaban, salvándose del descenso por apenas siete unidades en 1993. Tales eran los problemas que la dirigencia aceptó un proyecto acercado por la empresa Torneos y Competencias que ofrecía la incorporación de varios jugadores de nivel por cuenta de la firma, entre quienes se mencionaba la chance de un retorno de Diego Maradona, pero que incluía la cláusula de mudar la localía a la Ciudad de Mendoza, lo que condujo que los socios de la institución rechazaran de plano el proyecto.
Rolando Schiavi. El torneo de segunda división resultaría complejo y más aún considerando las dificultades institucionales que se atravesaban, pero el retorno a Primera se lograría inmediatamente y ganando el torneo sin discusión, pese a tener una formación austera y plagada de juveniles que demostrarían su valía en años venideros. La última oportunidad de ascender, la Promoción contra Nueva Chicago en doble partido disputado en la cancha de San Lorenzo, tampoco pudo devolver al club a la división de privilegio pero en medio de la crisis deportiva y financiera los bichos colorados tendría que esperar un año más por malos resultados con el técnico Ricardo Gareca (Ex-Director Técnico de la Selección del Perú) y por malos manejos administrativos que lo tenían al borde de un colapso económico sumido en una crisis económica. Los siguientes jugadores han sido convocados el 29 de mayo de 2024, con motivo de un encuentro amistoso frente a la Selección de Panamá en el estadio Nova Creu Alta de Sabadell. El Bicho debía participar en la Supercopa Sudamericana 1995 y, ante la carencia de un campo de juego propio, hizo las veces de local ante Atlético Nacional de Medellin en el estadio Orange Bowl de Miami, camiseta inter de milan 24/25 Estados Unidos.
El equipo no conseguía levantar la cabeza por completo pese a que obtuvo una sorpresiva fortaleza como local. Un empate de visita ante Costa Rica (0-0) y un triunfo de local ante Canadá (4-1) levantaron los ánimos de la Selecta, pero sufrió una goleada ante México de visita (5-0). En los dos últimos encuentros empata de local con Jamaica (2-2) en un duelo directo que sepultó sus aspiraciones mundialistas, y a Estados Unidos (4-2) donde cerraría su participación como quinto lugar de la tabla. Luego de un período sumamente fructífero desde todo punto de vista, el equipo atravesó un proceso de recambio que, a priori, no implicaba una pérdida de calidad en el plantel. La serie, extremadamente cerrada y mal jugada por Argentinos, definida en el estadio de Ferro, donde Argentinos aún fungía de local, terminó favoreciendo al equipo cervecero, que ganó 1-0 en el estadio Centenario y empató sin goles en el partido de vuelta. En el plano local, Argentinos seguía teniendo una escuadra competitiva, pero la pérdida de algunos jugadores clave lo relegaría de los primeros planos. Regresando al plano futbolístico, en la década de 1990 comenzaría un notorio declive, que se evidenciaría en los constantes padecimientos del equipo respecto del descenso a la Segunda División.
El gol del triunfo frente al equipo salteño sería obra del Polo Quinteros, grata revelación de aquel torneo, quien formara una notable dupla de ataque junto al hondureño Eduardo Bennett. Schiavi, Bennett y Quinteros. Tan temprano como en la temporada 91/92, el equipo conducido por el exjugador Chiche Sosa penaría durante todo el Torneo Clausura por mantener la categoría, consiguiéndolo en las fechas finales pero ingresando en la compleja dinámica de luchar por la permanencia en la división de privilegio. A pesar de todo, y con la continuidad de Sosa en la dirección técnica, el plan se llevó a cabo y resultó un estrepitoso fracaso, pues los resultados deportivos fueron mediocres y las incorporaciones de nivel no fueron tales, pudiéndose destacar únicamente al guardameta colombiano Faryd Mondragón. A pesar de que los años 2000 fue una de las mejores décadas en la historia aliancista en cuanto a obtención de títulos, el primer día del año 2000 perdió por un accidente automovilístico a su jugador Sandro Baylón, zaguero y volante de 22 años.